Son heterótrofos que en la cadena trófica ocupan las primeras posiciones de consumidores, alimentándose de los productores primarios (componentes del fitoplancton), de organismos descomponedores, como bacterias, o de otros componentes del zooplancton. Algunos se alimentan de residuos orgánicos particulados.
En muchos casos los integrantes del zooplancton guardan una gran proximidad sistemática con otros del fitoplancton, a veces incluso son del mismo género. Muchas algasunicelulares flageladas simultanean o alternan la fotosíntesis con la ingestión de alimentos orgánicos.
El zooplancton se utiliza como bioindicador en la investigación científica. Se emplea como alimento para las larvas de peces y otros organismos marinos criados en cautiverio. Este uso no solo promueve el crecimiento saludable de las larvas, sino que también mejora la eficiencia y sostenibilidad de las prácticas de acuicultura.
Radiolarios: Se mueven por pseudópodos. Poseen un esqueleto de sílice y tienen simetría radial.
Ciliados: Presentan en su cuerpo una multitud de pequeños filamentos llamados cilios. Los ciliados marinos son encontrados generalmente sobre las algas en los sedimentos, también en el tegumento de los peces e intestino de erizos.
Medusas: Una medusa puede ser un estado de desarrollo de otro pluricelular sesil, es decir, que no tiene movilidad, por lo que se relaciona al bentos, o ser un organismo libre adulto. Logra su flotación gracias a su forma de paracaídas. Su cuerpo está formado de agua siendo este del 98%. Es importante recalcar que no todas son urticarias.
Sifonóforos: Entre otras especies, las del género Physalia (fragata portuguesa).
Copépodos: Son crustáceos que constituyen casi el 70% del zooplancton. Poseen dos pares de antenas, el tórax está dividido en seis segmentos, cada uno con un par de apéndices aplanados y el abdomen presenta cinco segmentos desprovistos de apéndices.
Eufausiáceos: En algunas latitudes, forman lo que se conoce con el nombre de kril (principal alimento de ballenas).
