Edición de «SIMAP»

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'''SIMAP''' (del inglés SImiliarity MAtrix of Proteins, o matriz de similitud de proteínas) es una [[base de datos]] de similitudes entre proteínas creada usando [[computación distribuida]], y que es libremente accesible para propósitos científicos.  SIMAP utiliza el algoritmo de [[FASTA]] para precalcular la similitud de las proteínas, mientras que otra aplicación utiliza [[Modelo oculto de Márkov|modelos ocultos de Márkov]] para identificar [[Dominio proteico|dominios proteicos]].

La base de datos ha sido completada, pero se actualizará para descubrimientos de nuevas proteínas.

==Plataforma de cómputo==
SIMAP utiliza la plataforma de computación distribuida [[BOINC]] ([[Berkeley Open Infrastructure for Network Computing]], infraestructura abierta Berkeley para computación en red).

Algunas notas sobre el rendimiento de la aplicación:
* Los tiempos de CPU sobre unidad de trabajo pueden variar bastante, encontrándose en el rango de entre 15 minutos y 3 horas.
* Cada unidad de trabajo se encuentran entre 600 [[Kilobyte|KB]] y hasta 1,35 [[Megabyte|MB]], con la media alrededor de 1,20 MB.
* SIMAP proporciona software cliente optimizado para procesadores con [[SSE]] (Streaming SIMD Extensions, extensiones SIMD para flujos) disponible.  Para procesadores antiguos sin SSE también se proporcionan aplicaciones, pero requieren un detallado manual de instalación.  Los [[Sistema operativo|sistemas operativos]] soportados por SIMAP son [[Linux]], [[Microsoft Windows|Windows]], [[Mac OS]] y otras plataformas [[UNIX]].
* Puesto que la base de datos se ha completado, sólo habrá trabajo disponible en el futuro próximo de forma esporádica.

==Referencias==
* [https://web.archive.org/web/20120115182159/http://boincsimap.org/boincsimap/ Página web de SIMAP]
* [https://web.archive.org/web/20160304115813/http://liferay.csb.univie.ac.at/portal/web/simap/references Conjunto completo de referencias sobre SIMAP]

==Véase también==
* [[Computación grid]]
* [[Proteína]]
* [[Rosetta@home]]
* [[Predictor@home]]
* [[Folding@home]]
* [[BOINC]]

==Enlaces externos==
* [https://web.archive.org/web/20130528171432/http://liferay.csb.univie.ac.at/portal/web/simap Búsqueda en SIMAP]
* [http://allprojectstats.com/top.php?s=0&o=0&projekt=5&type=1 Estadísticas BOINC del proyecto SIMAP] {{Wayback|url=http://allprojectstats.com/top.php?s=0&o=0&projekt=5&type=1 |date=20070928024911 }}

{{Control de autoridades}}
[[Categoría:Bioinformática]]
[[Categoría:Computación distribuida]]