Edición de «Bioconductor»

{{Ficha de software |
  nombre = Bioconductor |
  logo = |
  captura =  |
  desarrollador = |
  ultima_version = 2.8 |
  fecha_ultima_version = {{Fecha de lanzamiento|15|04|2011}} |
  sistema_operativo = [[Multiplataforma]] |
  genero = Análisis de información genética |
  licencia = [[Licencia pública general de GNU|GPL]] |
  sitio_web = [https://www.bioconductor.org/ www.bioconductor.org] |
  castellano = |
}}

'''Bioconductor''' es un proyecto de [[código abierto]] para el análisis de datos en [[Genómica]].
Sus orígenes se remontan al otoño del 2001 con el objetivo de desarrollar e integrar software para el análisis estadístico de datos de laboratorio en [[biología molecular]]. Está basado en el  [[lenguaje de programación R]]. Su principal aplicación es el análisis de [[microarray]]s.<ref>{{Cita publicación|url=https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80|título=Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics|apellidos=Gentleman|nombre=Robert C.|apellidos2=Carey|nombre2=Vincent J.|fecha=2004-09-15|publicación=Genome Biology|volumen=5|número=10|páginas=R80|fechaacceso=2022-09-17|idioma=en|issn=1474-760X|doi=10.1186/gb-2004-5-10-r80|pmc=545600|pmid=15461798|apellidos3=Bates|nombre3=Douglas M.|apellidos4=Bolstad|nombre4=Ben|apellidos5=Dettling|nombre5=Marcel|apellidos6=Dudoit|nombre6=Sandrine|apellidos7=Ellis|nombre7=Byron|apellidos8=Gautier|nombre8=Laurent|apellidos9=Ge|nombre9=Yongchao}}</ref>

Los objetivos generales del proyecto son:
* Proporcionar un conjunto amplio y poderoso de métodos para el análisis de datos de genética.
* Facilitar la integración de metadatos biológicos en el análisis de datos experimentales, como la disponible en [[PubMed]] o [[LocusLink]].
* Permitir el desarrollo rápido de software extensible, escalable e interoperable.
* Promover documentación de alta calidad y experimentos reproducibles. 
* Proporcionar formación en métodos estadísticos y computacionales para el estudio de datos genéticos.

== Características principales ==

* '''El uso de del [[lenguaje de programación R]] para [[Estadística computacional|Computación Estadística]]:''' El uso de R proporciona una amplia gama de ventajas para el proyecto '''''Bioconductor''''', entre ellas están:
** Un lenguaje interpretado de alto nivel para prototipar fácil y rápidamente nuevos métodos computacionales.
** Un sistema bien establecido para empaquetar [[software]] junto con documentación.
** Un marco orientado a objetos para abordar la diversidad y complejidad de los problemas de [[biología computacional]] y   [[bioinformática]].
** Acceso a datos de [[biología computacional]] y [[bioinformática]] en línea.
** Compatibilidad con ricas actividades de modelado y simulación estadística.
** Capacidades de visualización de modelos y datos de última generación.
** Desarrollo activo por parte de un equipo de investigadores comprometidos con la buena documentación y el [[diseño de software]].
* '''Documentación e investigación reproducible:''' Cada paquete de '''Bioconductor''' contiene una o más viñetas, que son documentos que brindan una descripción textual y orientada a tareas de la funcionalidad del paquete. Las viñetas vienen en varias formas. Muchas demuestran cómo se puede lograr una tarea en particular con el [[software]] de ese paquete. Otros brindan una descripción general más completa del paquete o analizan cuestiones generales relacionadas con el paquete.
* '''Métodos estadísticos y gráficos:''' El proyecto '''''Bioconductor''''' proporciona acceso a potentes métodos estadísticos y gráficos para el análisis de datos genómicos. Los paquetes de análisis abordan flujos de trabajo para el análisis de matrices de [[Oligonucleótido|oligonucleótidos]], [[análisis de secuencias]], [[citometría de flujo]] y otros datos genómicos de alto rendimiento. El     propio sistema del [[Paquetes de R|paquete R]] proporciona implementaciones para una amplia gama de técnicas estadísticas y gráficas de última generación, incluidos el [[modelo lineal]] y [[Modelo no lineal|no lineal]], el análisis de conglomerados, la predicción, el remuestreo, el análisis de supervivencia y el análisis de series temporales.
* '''Anotación:''' El proyecto '''''Bioconductor''''' proporciona [[software]] para asociar micromatrices y otros datos genómicos en tiempo real  con metadatos biológicos de bases de datos web como [[GenBank]], Entrez genes y [[PubMed]] (paquete de anotación). También se proporcionan funciones para incorporar los resultados del [[Estadística|análisis estadístico]] en informes [[HTML]] con enlaces a recursos web de anotación. Las  herramientas de [[software]] están disponibles para ensamblar y procesar datos de anotación genómica, desde [[Base de datos|bases de datos]] como [[GenBank]], Gene Ontology Consortium, Entrez genes, UniGene, UCSC Human Genome Project (paquete AnnotationDbi). Paquetes de datos de anotación se     distribuyen para proporcionar mapeos entre diferentes identificadores de sonda. También se pueden ensamblar bibliotecas de anotaciones personalizadas.
* '''Cursos cortos de bioconductores:''' El proyecto '''''Bioconductor''''' ha desarrollado un programa de cursos cortos sobre software y métodos estadísticos para el análisis de datos genómicos. Se han impartido cursos para audiencias con experiencia en [[biología]] o [[estadística]]. Todos los materiales del curso (conferencias y laboratorios de computación) están disponibles en este sitio.
* [[Código abierto|'''Código''' '''abierto''']]''':''' El proyecto '''''Bioconductor''''' tiene un compromiso con la disciplina de [[código abierto]] completo, con distribución a través de un servidor público [[git]] ([[control de versiones]]). Casi todas las contribuciones existen bajo una licencia de [[código abierto]]. Hay muchas razones diferentes por las que el [[software]] de [[código abierto]] es beneficioso para el [[análisis de datos]] de micromatrices y para la [[biología computacional]] en general. Las razones incluyen:
** Para proporcionar acceso completo a los [[Algoritmo|algoritmos]] y su implementación.
** Para facilitar las mejoras del [[software]] a través de la corrección de errores y la extensión del [[software]].
** Fomentar la buena informática científica y la práctica estadística proporcionando las herramientas y la instrucción adecuadas.
** Proporcionar un banco de trabajo de herramientas que permita a los investigadores explorar y ampliar los métodos utilizados para analizar datos biológicos.
** Lograr que la comunidad científica internacional sea propietaria de las herramientas informáticas necesarias para realizar investigaciones
** Liderar y fomentar el apoyo comercial y el desarrollo de aquellas herramientas que tengan éxito.
** Promover la investigación reproducible proporcionando herramientas abiertas y accesibles con las que llevar a cabo esa investigación (la investigación reproducible es distinta de la verificación independiente).

== Véase también ==
{{Portal|Software libre}}
{{Portal|Biología}}
*[[Bioinformática]]
*[[Affymetrix]]
* [[Lenguaje de programación R|R]]

== Referencias ==
{{listaref}}

== Enlaces externos ==
* [http://www.bioconductor.org Página oficial]

{{Control de autoridades}}
[[Categoría:Bioinformática]]
[[Categoría:Software libre programado en R (lenguaje de programación)]]
[[Categoría:Biología computacional]]
[[Categoría:Software de bioinformática]]