Editando BioJava (sección)

=== Módulos de Estructura de Proteínas ===
[[Archivo:This window shows two proteins with IDs "4hhb.A" and "4hhb.B" aligned against each other.png|Esta ventana muestra dos proteínas con IDs "4hhb.A" y "4hhb.B" alineados una contra la otra. El código se muestra en el lado izquierdo. Esto se produce utilizando bibliotecas BioJava que a su vez utiliza visor de Jmol. El FATCAT<ref name="fatcat">{{cite journal |author=Ye Y, Godzik A |title=Flexible structure alignment by chaining aligned fragment pairs allowing twists |journal=Bioinformatics |volume=19 |issue=Suppl 2|pages=ii246–55 |date=October 2003 |pmid=14534198 |url=http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=14534198 |doi=10.1093/bioinformatics/btg1086}}</ref> algoritmo rígido que se utiliza aquí para hacer la alineación.]]
Los módulos de estructura de proteínas proporcionan herramientas para representar y manipular estructuras biomoleculares 3D. En particular, se centra en la comparación de la estructura de proteínas.
Los siguientes algoritmos se han aplicado y se incluyen en BioJava.

Algoritmo FATCAT para la alineación del cuerpo flexible y rígido.[17]
El algoritmo estándar Combinatoria de Extensión (CE).<ref>{{cite journal |author=Shindyalov IN, Bourne PE |title=Protein structure alignment by incremental combinatorial extension (CE) of the optimal path |journal=Protein Eng. |volume=11 |issue=9 |pages=739–47 |date=September 1998 |pmid=9796821 |url=http://peds.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=9796821 |doi=10.1093/protein/11.9.739}}</ref>
Una nueva versión de la CE que puede detectar permutaciones circulares en las proteínas.<ref>{{cite journal |author=Bliven S, Prli&#x107; A |title=Circular permutation in proteins |journal=PLoS Comput. Biol. |volume=8 |issue=3 |pages=e1002445 |year=2012 |pmid=22496628 |pmc=3320104 |doi=10.1371/journal.pcbi.1002445 |url=http://dx.plos.org/10.1371/journal.pcbi.1002445}}</ref>
Estos algoritmos se utilizan para proporcionar al RCSB Protein Data Bank (PDB)<ref>{{cite journal |author=Rose PW, Beran B, Bi C |title=The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services |journal=Nucleic Acids Res. |volume=39 |issue=Database issue |pages=D392–401 |date=January 2011 |pmid=21036868 |pmc=3013649 |doi=10.1093/nar/gkq1021 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=21036868|display-authors=etal}}</ref> La herramienta de comparación de proteínas, así como comparaciones sistemáticas de todas las proteínas en el PDB semanalmente.<ref>{{cite journal |author=Prlic A, Bliven S, Rose PW |title=Pre-calculated protein structure alignments at the RCSB PDB website |journal=Bioinformatics |volume=26 |issue=23 |pages=2983–5 |date=December 2010 |pmid=20937596 |pmc=3003546 |doi=10.1093/bioinformatics/btq572 |url=http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=20937596|display-authors=etal}}</ref>
Analizadores de formatos de archivos de PDB<ref>{{cite journal |author=Bernstein FC, Koetzle TF, Williams GJ |title=The Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures |journal=J. Mol. Biol. |volume=112 |issue=3 |pages=535–42 |date=May 1977 |pmid=875032 |doi=10.1016/s0022-2836(77)80200-3 |display-authors=etal}}</ref> y mmCIF<ref>Fitzgerald,P.M.D. et al. (2006) Macromolecular dictionary (mmCIF). In Hall,S.R.</ref> permiten la carga de datos de la estructura en un modelo de datos reutilizable. Esta característica es utilizada por el proyecto SIFTS para mapear entre las secuencias de UniProt y estructuras de PDB.<ref>{{cite journal |author=Velankar S, McNeil P, Mittard-Runte V |title=E-MSD: an integrated data resource for bioinformatics |journal=Nucleic Acids Res. |volume=33 |issue=Database issue |pages=D262–5 |date=January 2005 |pmid=15608192 |pmc=540012 |doi=10.1093/nar/gki058 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=15608192|display-authors=etal}}</ref> Información de la RCSB PDB puede ser dinámicamente obtenida y sin la necesidad de descargar manualmente los datos. Para la visualización, se proporciona una interfaz para el visor 3D Jmol (http://www.jmol.org/) . El equipo afirma que se está trabajando para mejorar la interacción con los viewers de RCSB PDB.<ref>{{cite journal |author=Moreland JL, Gramada A, Buzko OV, Zhang Q, Bourne PE |title=The Molecular Biology Toolkit (MBT): a modular platform for developing molecular visualization applications |journal=BMC Bioinformatics |volume=6 |issue= |pages=21 |year=2005 |pmid=15694009 |pmc=548701 |doi=10.1186/1471-2105-6-21 |url=http://www.biomedcentral.com/1471-2105/6/21}}</ref>

A continuación se muestra un esquema del código para inicializar una ventana que mostrará y comparará dos secuencias de proteínas. Por favor, tenga en cuenta que esto es sólo un esbozo del código. Para hacer este trabajo tendrá que importar el paquete correcto en "org.biojava.bio.structure" y también añadir manejar excepciones utilizando un bloque try-catch.
<syntaxhighlight lang="java">
 String name1 = "4hhb.A";
 String name2 = "4hhb.B";
 
 AtomCache cache = new AtomCache();
         
 Structure structure1 = null;
 Structure structure2 = null;
 
 StructureAlignment algorithm  = 
 StructureAlignmentFactory.getAlgorithm(FatCatRigid.algorithmName);
    
 structure1 = cache.getStructure(name1);
 structure2 = cache.getStructure(name2);
     
 Atom[] ca1 = StructureTools.getAtomCAArray(structure1);
 Atom[] ca2 = StructureTools.getAtomCAArray(structure2);
 
 FatCatParameters params = new FatCatParameters();
 
 AFPChain afpChain = algorithm.align(ca1,ca2,params);
 
 afpChain.setName1(name1);
 afpChain.setName2(name2);
 
 StructureAlignmentDisplay.display(afpChain, ca1, ca2);
</syntaxhighlight>
El código alinea las dos secuencias de proteínas "4hhb.A" y "4hhb.B" basado en el algoritmo rígido FATCAT.