Editando BioJava (sección)

=== Módulo Principal ===

Este módulo ofrece [[clases]] Java para modelar secuencias de [[aminoácidos]] o [[nucleótidos]]. Las clases se han diseñado teniendo en cuenta que deben ser conocidos por los biólogos, es decir, los nombres deben tener sentido para los biólogos y al mismo tiempo también proporcionan una representación concreta de los pasos para pasar de una secuencia de genes a una secuencia de la proteína para los científicos de la computación y programadores.
Un cambio importante entre el proyecto BioJava Legacy y BioJava3 radica en la forma que ha sido diseñado el framework para aprovechar las últimas innovaciones en Java. Una secuencia se define como una interfaz genérica permitiéndole al resto de los módulos crear cualquier utilidad que opera en todas las secuencias. Clases específicas para las secuencias comunes, tales como ADN y proteínas se han definido con el fin de mejorar la usabilidad para los biólogos. El motor de traducción realmente aprovecha este trabajo al permitir que las conversiones entre las secuencias de ADN, ARN y aminoácidos. Este motor puede manejar los detalles tales como la elección de la tabla de codones, la conversión de codones de inicio de metionina, el recorte de los codones de parada, especificando el marco de lectura y la entrega de secuencias ambiguas.

Se ha prestado atención especial en el diseño del almacenamiento de las secuencias a fin de minimizar los requisitos de espacio. Patrones de diseño especiales, como el [[Proxy_pattern|patrón Proxy]] que permitió a los desarrolladores crear el framework de manera tal que las secuencias se puedan almacenar en la memoria, la demanda de un servicio web como UniProt o leer desde un archivo [[FASTA]] según sea necesario. Los dos últimos enfoques ahorran memoria al no cargar datos de la secuencia hasta que se hace referencia en la solicitud. Este concepto se puede ampliar para manejar grandes bases de datos genómicas, tales como [[NCBI]], [[GenBank]] o una base de datos propietaria.