Editando Transcriptoma (sección)

== Técnicas empleadas para su análisis ==
{{AP|Tecnologías de transcriptómica}}
La transcriptómica es el estudio del nivel de expresión de todos los genes transcritos en una célula o tejido. Existe una amplia gama de técnicas utilizadas en transcriptómica, las cuales permiten cuantificar millones de moléculas de ARN al mismo tiempo.  

=== Microarreglos ===
[[Archivo:Affymetrix-microarray.jpg|thumb|[[Chip de ADN]] empleado para detectar expresión de genes de humano (izq.) y de ratón (der.)]]Los primeros estudios transcriptómicos se basaron en [[Chip de ADN|microarreglos]] (también llamados '''chips de ADN'''): finas láminas de vidrio sobre las cuales se imprimen [[oligonucleótido]]s.<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7569999|título=Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray|apellidos=Schena|nombre=M.|apellidos2=Shalon|nombre2=D.|fecha=20 de octubre de 1995|publicación=Science (New York, N.Y.)|volumen=270|número=5235|páginas=467–470|fechaacceso=24 de febrero de 2019|issn=0036-8075|pmid=7569999|apellidos3=Davis|nombre3=R. W.|apellidos4=Brown|nombre4=P. O.}}</ref> El ARN que se desea analizar es marcado con un [[Fluorocromo|fluoróforo]] y difundido sobre la superficie del microarreglo, donde [[Hibridación (biología molecular)|hibrida]] con los oligonucleótidos del chip. La intensidad de fluorescencia en cada punto del microarreglo es proporcional al nivel de expresión de cada gen. Un solo microarreglo comúnmente contiene suficientes oligonulceótidos para representar a todos los genes conocidos; sin embargo, los datos generados con microarreglos no contienen información sobre genes desconocidos. Durante la década de 2010, los microarreglos fueron casi totalmente sustituidos por técnicas basadas en la [[Secuenciación del ADN|secuenciación de ADN]] de nueva generación.  

=== Secuenciación de ARN ===
La técnica más empleada en la actualidad es la '''secuenciación de ARN''' ('''RNA-seq'''),<ref name=":1">{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18516045|título=Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq|apellidos=Mortazavi|nombre=Ali|apellidos2=Williams|nombre2=Brian A.|fecha=2008-7|publicación=Nature Methods|volumen=5|número=7|páginas=621–628|fechaacceso=24 de febrero de 2019|issn=1548-7105|doi=10.1038/nmeth.1226|pmid=18516045|apellidos3=McCue|nombre3=Kenneth|apellidos4=Schaeffer|nombre4=Lorian|apellidos5=Wold|nombre5=Barbara}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18451266|título=The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing|apellidos=Nagalakshmi|nombre=Ugrappa|apellidos2=Wang|nombre2=Zhong|fecha=6 de junio de 2008|publicación=Science (New York, N.Y.)|volumen=320|número=5881|páginas=1344–1349|fechaacceso=24 de febrero de 2019|issn=1095-9203|doi=10.1126/science.1158441|pmc=2951732|pmid=18451266|apellidos3=Waern|nombre3=Karl|apellidos4=Shou|nombre4=Chong|apellidos5=Raha|nombre5=Debasish|apellidos6=Gerstein|nombre6=Mark|apellidos7=Snyder|nombre7=Michael}}</ref> la cual puede detectar tanto genes conocidos como desconocidos, además de cuantificar su expresión directa y no indirectamente.<ref name=":0" /> La secuenciación de ARN comienza con la conversión de las moléculas de ARN a [[ADN complementario]] (cDNA) mediante [[RT-PCR|PCR reversa]] (RT-PCR). El ADN complementario es entonces amplificado para formar una [[Genoteca|biblioteca de ADN]], la cual puede ser secuenciada.<ref name=":1" /> El resultado final es una serie de secuencias que pueden ser [[Alineamiento de secuencias|alineadas]] al genoma o transcriptoma y después cuantificadas mediante métodos computacionales.<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26813401|título=A survey of best practices for RNA-seq data analysis|apellidos=Conesa|nombre=Ana|apellidos2=Madrigal|nombre2=Pedro|fecha=26 de enero de 2016|publicación=Genome Biology|volumen=17|páginas=13|fechaacceso=24 de febrero de 2019|issn=1474-760X |doi=10.1186/s13059-016-0881-8 |pmc=4728800|pmid=26813401 |apellidos3=Tarazona|nombre3=Sonia |apellidos4=Gomez-Cabrero|nombre4=David |apellidos5=Cervera|nombre5=Alejandría |apellidos6=McPherson|nombre6=Andrew |apellidos7=Szcześniak|nombre7=Michał Wojciech |apellidos8=Gaffney|nombre8=Daniel J. |apellidos9=Elo|nombre9=Laura L.}}</ref> Esto permite saber de qué gen proviene cada secuencia y cuántas secuencias le corresponden a cada gen. El número de secuencias alineadas a un gen determinado es proporcional al número de moléculas de ARN provenientes del mismo.<ref name="Hurst,2026"/>

=== Secuenciación de ARN de células individuales ===
Recientes avances tecnológicos en el área de los [[microfluidos]], la [[citometría de flujo]] y la [[biología molecular]] han permitido separar células individuales y manipularlas en paralelo, una célula a la vez. La [[Secuenciación de células individuales|'''secuenciación de''' '''ARN de células individuales''']] ('''scRNA-seq''')<ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19349980|título=mRNA-Seq whole-transcriptome analysis of a single cell|apellidos=Tang|nombre=Fuchou|apellidos2=Barbacioru|nombre2=Catalin|fecha=2009-5|publicación=Nature Methods|volumen=6|número=5|páginas=377–382|fechaacceso=26 de febrero de 2019|issn=1548-7105|doi=10.1038/nmeth.1315|pmid=19349980|apellidos3=Wang|nombre3=Yangzhou|apellidos4=Nordman|nombre4=Ellen|apellidos5=Lee|nombre5=Clarence|apellidos6=Xu|nombre6=Nanlan|apellidos7=Wang|nombre7=Xiaohui|apellidos8=Bodeau|nombre8=John|apellidos9=Tuch|nombre9=Brian B.}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24056875|título=Smart-seq2 for sensitive full-length transcriptome profiling in single cells|apellidos=Picelli|nombre=Simone|apellidos2=Björklund|nombre2=Åsa K.|fecha=2013-11|publicación=Nature Methods|volumen=10|número=11|páginas=1096–1098|fechaacceso=26 de febrero de 2019|issn=1548-7105|doi=10.1038/nmeth.2639|pmid=24056875|apellidos3=Faridani|nombre3=Omid R.|apellidos4=Sagasser|nombre4=Sven|apellidos5=Winberg|nombre5=Gösta|apellidos6=Sandberg|nombre6=Rickard}}</ref><ref>{{Cita publicación|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28091601|título=Massively parallel digital transcriptional profiling of single cells|apellidos=Zheng|nombre=Grace X. Y.|apellidos2=Terry|nombre2=Jessica M.|fecha=01 16, 2017|publicación=Nature Communications|volumen=8|páginas=14049|fechaacceso=26 de febrero de 2019|issn=2041-1723|doi=10.1038/ncomms14049|pmc=5241818|pmid=28091601|apellidos3=Belgrader|nombre3=Phillip|apellidos4=Ryvkin|nombre4=Paul|apellidos5=Bent|nombre5=Zachary W.|apellidos6=Wilson|nombre6=Ryan|apellidos7=Ziraldo|nombre7=Solongo B.|apellidos8=Wheeler|nombre8=Tobias D.|apellidos9=McDermott|nombre9=Geoff P.}}</ref> es una técnica que combina estos métodos de separación con la secuenciación de ARN; con ella es posible cuantificar transcriptomas de cientos o miles de células simultáneamente. Al estudio del transcriptoma a nivel de una sola célula se le denomina '''transcriptómica de células individuales''' (del inglés ''single-cell transcriptomics'').