Editando BioJava (sección)

== Proyectos usando BioJava ==

* [https://web.archive.org/web/20170506143731/http://www.genostar.com/ Metabolic Pathway Builder]:Software dedicada a la exploración de las conexiones entre los genes, las proteínas, las reacciones y las vías metabólicas.
* [https://web.archive.org/web/20061208145541/http://www.dengueinfo.org/ DengueInfo]:  Un portal de información sobre el genoma del dengue que utiliza BioJava en el middleware y habla con una base de datos BioSQL.
* {{Enlace roto|1=[http://www.derkholm.net/thomas/dazzle Dazzle] |2=http://www.derkholm.net/thomas/dazzle |bot=InternetArchiveBot }}: Un servidor DAS basado BioJava.
* [http://www.idbs.com/InforSenseSuite/BioSense BioSense] {{Wayback|url=http://www.idbs.com/InforSenseSuite/BioSense |date=20111001074401 }}: Plugin para la suite InforSense, una plataforma de software de análisis por [http://www.idbs.com/ IDBS] que unifica BioJava.
* [https://web.archive.org/web/20100111032721/http://www.bioclipse.net/ Bioclipse]: Código abierto, banco de trabajo para la quimio y la bioinformática con potentes capacidades de edición y visualización de moléculas, secuencias, proteínas,  espectros etc.
* [http://webclu.bio.wzw.tum.de/prompt PROMPT] {{Wayback|url=http://webclu.bio.wzw.tum.de/prompt |date=20080618082251 }}: Aplicación de código abierto para la comparación y la cartografía de los conjuntos de proteínas. Utiliza BioJava para el manejo de la mayoría de los formatos de datos de entrada.
* [http://www.cytoscape.org Cytoscape]: Una plataforma de software de bioinformática de código abierto para la visualización de las redes de interacción molecular.
* [http://www.bioweka.org BioWeka]: Una aplicación de minería de datos biológicos de código abierto.
* [http://www.biomatters.com Geneious]: Un juego de herramientas de la biología molecular.
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/slottad/MassSieve/ MassSieve]: una aplicación de código abierto para el análisis de masas de datos proteómica spec.
* [https://web.archive.org/web/20150112161329/http://www.charite.de/bioinf/strap/ Strap]: Una herramienta para la alineación de secuencias múltiples y estructura de alineación basada en la secuencia
* [http://www.jstacs.de Jstacs]: Un marco de Java para el análisis estadístico y clasificación de secuencias biológicas.
* [http://www.bioinf.jku.at/software/LSTM_protein/ jLSTM] "Long Short Term-memory" para la clasificación de proteínas.
* [http://lajolla.sourceforge.net LaJolla] Alineación estructural de ARN y proteínas utilizando una estructura de índice para una alineación rápida de miles de estructuras. Incluyendo un fácil de usar interfaz de línea de comandos. El código abierto en Sourceforge. 
* [http://www.geneinfinity.org/genbeans/index.html GenBeans]: Una plataforma de cliente enriquecido de la bioinformática se centraron principalmente en la biología molecular y análisis de la secuencia. 
* [http://bioservices.hs-mittweida.de/equant/ Equant] {{Wayback|url=http://bioservices.hs-mittweida.de/equant/ |date=20151208052434 }}: Un servidor de evaluación de la calidad del modelo para indicar la fiabilidad de estructuras de proteínas.