Editando BioJava (sección)

== Las comparaciones con otras alternativas ==

La necesidad de software a medida en el campo de la bioinformática ha sido abordado por varios grupos e individuos. Existen proyectos similares a BioJava, los proyectos de código abierto como BioPerl, BioPython y BioRuby todos proporcionan kits de herramientas con múltiples funcionalidades que hacen que sea más fácil para crear pipelines o análisis personalizados.

Como el nombre sugiere, los proyectos mencionados anteriormente utilizan diferentes lenguajes de programación. Todas estas APIs ofrecen herramientas similares, por lo tanto, ¿Qué criterios se deberían tener en cuenta en la elección?. Para los programadores con experiencia en sólo uno de estos idiomas, la elección es sencilla. 

En general, para los programas pequeños (<500 líneas) que serán utilizadas únicamente por un pequeño grupo o de forma individual, es difícil de superar a Perl y a BioPerl. Estas restricciones, probablemente, cubren las necesidades de 90 por ciento de los requisitos de programación .

Para los principiantes, y para escribir programas más grandes en el dominio Bio, especialmente aquellos para ser compartido y apoyado por otros, la claridad y la brevedad de Python lo hacen muy atractivo.

Para aquellos que pudieran estar inclinado hacia una carrera en la bioinformática y que quieren aprender un solo idioma, Java cuenta con el apoyo de programación general más amplia, muy buen apoyo en el dominio Bio con BioJava, y ahora es el idioma de facto del negocio.

Aparte de estos Bio* proyectos hay otro proyecto llamado Strap que utiliza Java y apunta a objetivos similares. La caja de herramientas Strap, similar a BioJava es también un conjunto de herramientas Java para el diseño de programas de bioinformática y scripts. Las similitudes y diferencias entre BioJava y STRAP son los siguientes:

Similitudes

* Ambos proporcionan colecciones completas de los métodos de secuencias de proteínas.
* Ambos son utilizados por los programadores de Java para la codificación de algoritmos de Bioinformática.
* Ambas separan las implementaciones y definiciones mediante el uso de interfaces de Java.
* Ambos son proyectos de código abierto.
* Ambos pueden leer y escribir muchos formatos de archivo de secuencia.

Diferencias

* BioJava es aplicable a secuencias de nucleótidos y de péptidos y se puede aplicar para los genomas enteros. STRAP no le puede hacer frente a las secuencias individuales tan largas como un cromosoma entero. STRAP manipula secuencias de péptidos y estructuras 3D del tamaño de las proteínas individuales. Sin embargo, se puede mantener un alto número de secuencias y estructuras en la memoria. STRAP está diseñado para las secuencias de proteínas, pero puede leer archivos de nucleótidos que codifican, que luego se traducen a secuencias péptido.
* STRAP es muy rápido ya que la interfaz gráfica de usuario debe ser muy sensible. BioJava se utiliza donde la velocidad es menos crítica.
* BioJava está bien diseñado en términos de seguridad de tipos, la ontología y el diseño de objetos. 
* BioJava utiliza objetos de secuencias, anotaciones y posiciones de la secuencia. Incluso los aminoácidos o ácidos nucleótidos individuales son referencias a objetos. Para mejorar la velocidad, STRAP evita instancias de objeto frecuentes y la invocación de objetos-métodos no finales.
** En BioJava las secuencias de péptidos y las secuencias de nucleótidos son listas de símbolos. Los símbolos se pueden recuperar uno después del otro con un iterador o se pueden obtener subsecuencia. Las ventajas son que toda la secuencia no reside necesariamente en la memoria y que los programas son menos susceptibles a los errores de programación. Objetos de símbolos son elementos inmutables de un alfabeto. Sin embargo en STRAP las matrices de bytes simples se utilizan para las secuencias y las matrices de flotantes para las coordenadas. Además de la velocidad, el bajo consumo de memoria es una ventaja importante de los tipos de datos básicos. Las clases en STRAP exponen los datos internos. Por lo tanto, los programadores pueden cometer errores de programación, como la manipulación de matrices de bytes directamente en lugar de utilizar los métodos setter. Otra desventaja es que en STRAP no se realizan controles si los caracteres en las secuencias son válidas con respecto a un alfabeto subyacente.
** En BioJava las posiciones de secuencia se realizan por la clase Location. Los discontinuos objetos de Location se componen de varios objetos contiguos RangeLocation u objetos PointLocation. Sin embargo para la clase StrapProtein, las posiciones de los residuos se indican mediante números enteros entre 0 y countResidues () - 1. Múltiples posiciones están dadas por matrices booleanas. Si el índice determinado es verdadero, será seleccionado.
* BioJava lanza excepciones cuando los métodos se invocan con parámetros no válidos. STRAP evita el tiempo de creación de objetos Throwable. En lugar de ello, los errores en los métodos se indican mediante los valores de retorno NaN, -1 o nulos. Desde el punto de diseño del programa, sin embargo los objetos Throwable son más bonitas.
* En BioJava un objeto de secuencia es o bien una secuencia de péptido o una secuencia de nucleótidos. A StrapProtein puede contener ambos al mismo tiempo si una secuencia de nucleótidos de codificación se leyó y se traduce en proteína. Ambos, la secuencia de nucleótidos y la secuencia de péptidos están contenidas en el mismo objeto StrapProtein. La codificación o regiones no codificantes se pueden cambiar y la secuencia del péptido altera en consecuencia.