Editando BioJava (sección)

=== Módulo ModFinder ===

[[Archivo:An_example_application_using_the_ModFinder_module_and_the_protein_structure_module.png|Una aplicación de ejemplo usando el módulo ModFinder y el módulo de estructuras de proteínas<ref>{{cite journal |author=Chen K, Jung YS, Bonagura CA |title=Azotobacter vinelandii ferredoxin I: a sequence and structure comparison approach to alteration of [4Fe-4S]2+/+ reduction potential |journal=J. Biol. Chem. |volume=277 |issue=7 |pages=5603–10 |date=February 2002 |pmid=11704670 |doi=10.1074/jbc.M108916200 |url=http://www.jbc.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=11704670 |display-authors=etal }}</ref>]]

El módulo ModFinder ofrece nuevos métodos para identificar y clasificar las modificaciones de proteínas en estructuras 3D de proteínas. Se recogieron y curaron más de 400 diferentes tipos de modificaciones de proteínas como la [[fosforilación]], [[glicosilación]], [[enlaces disulfuro]], quelación de metales, etc., basadas en anotaciones en PSI-MOD,<ref>{{cite journal |author=Montecchi-Palazzi L, Beavis R, Binz PA |title=The PSI-MOD community standard for representation of protein modification data |journal=Nat. Biotechnol. |volume=26 |issue=8 |pages=864–6 |date=August 2008 |pmid=18688235 |doi=10.1038/nbt0808-864 |display-authors=etal}}</ref> RESID<ref>{{cite journal |author=Garavelli JS |title=The RESID Database of Protein Modifications as a resource and annotation tool |journal=Proteomics |volume=4 |issue=6 |pages=1527–33 |date=June 2004 |pmid=15174122 |doi=10.1002/pmic.200300777 }}</ref> y RCSB PDB.<ref>{{cite journal |author=Berman HM, Westbrook J, Feng Z |title=The Protein Data Bank |journal=Nucleic Acids Res. |volume=28 |issue=1 |pages=235–42 |date=January 2000 |pmid=10592235 |pmc=102472 |doi=10.1093/nar/28.1.235|display-authors=etal}}</ref> El módulo también proporciona una API para la detección de modificaciones de proteínas dentro de las estructuras de las proteínas.

Ejemplo: identificar e imprimir todas las modificaciones precargados de una estructura<ref>{{cite web|last=CookBook3|first=BioJava|title=ModFinder|url=http://biojava.org/wiki/BioJava:CookBook3:ModFinder}}</ref>

<syntaxhighlight lang="java">
Set<ModifiedCompound> identifyAllModfications(Structure struc) {
    ProteinModificationIdentifier parser = 
        new ProteinModificationIdentifier();
    parser.identify(struc);
    Set<ModifiedCompound> mcs = 
        parser.getIdentifiedModifiedCompound();
    return mcs;
}

 </syntaxhighlight>

Ejemplo: identificar sitios de fosforilación en una estructura

<syntaxhighlight lang="java">
List<ResidueNumber> identifyPhosphosites(Structure struc) {
    List<ResidueNumber> phosphosites = new ArrayList<ResidueNumber>();
    ProteinModificationIdentifier parser = 
        new ProteinModificationIdentifier();
    parser.identify(struc, 
        ProteinModificationRegistry.getByKeyword("phosphoprotein"));
    Set<ModifiedCompound> mcs = parser.getIdentifiedModifiedCompound();
    for (ModifiedCompound mc : mcs) {
        Set<StructureGroup> groups = mc.getGroups(true);
        for (StructureGroup group : groups) {
            phosphosites.add(group.getPDBResidueNumber());
        }
    }
    return phosphosites;
}

 </syntaxhighlight>

Código de demostración para ejecutar los métodos anteriores

<syntaxhighlight lang="java">
import org.biojava.bio.structure.ResidueNumber;
import org.biojava.bio.structure.Structure;
import org.biojava.bio.structure.io.PDBFileReader;
import org.biojava3.protmod.structure.ProteinModificationIdentifier;
 
public static void main(String[] args) {
    try {
        PDBFileReader reader = new PDBFileReader();
        reader.setAutoFetch(true);
 
        // identify all modifications from PDB:1CAD and print them
        String pdbId = "1CAD";
        Structure struc = reader.getStructureById(pdbId);
        Set<ModifiedCompound> mcs = identifyAllModfications(struc);
        for (ModifiedCompound mc : mcs) {
            System.out.println(mc.toString());
        }
 
        // identify all phosphosites from PDB:3MVJ and print them
        pdbId = "3MVJ";
        struc = reader.getStructureById(pdbId);
        List<ResidueNumber> psites = identifyPhosphosites(struc);
        for (ResidueNumber psite : psites) {
            System.out.println(psite.toString());
        }
    } catch(Exception e) {
        e.printStackTrace();
    }
}

 </syntaxhighlight>

Hay planes para incluir las modificaciones adicionales a las proteínas mediante la integración de otros recursos como UniProt<ref>{{cite journal |author=Farriol-Mathis N, Garavelli JS, Boeckmann B |title=Annotation of post-translational modifications in the Swiss-Prot knowledge base |journal=Proteomics |volume=4 |issue=6 |pages=1537–50 |date=June 2004 |pmid=15174124 |doi=10.1002/pmic.200300764 |display-authors=etal}}</ref>